Estandarización de PCR en tiempo real para detección y cuantificación de los oncogenes E7 de seis Virus del Papiloma Humano de Alto Riesgo

El cáncer de cuello uterino es causado por la infección persistente del epitelio cervical con los genotipos de alto riesgo del Virus del Papiloma Humano. Para su detección se realizan pruebas moleculares que detectan el gen L1 del VPH. Este gen puede perderse hasta en el 11 % de los casos durante la integración del ADN viral en el genoma del hospedero originando falsos negativos. Por otra parte, el oncogén E7 se expresa durante todas las etapas de progresión de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estandarizar una PCR en tiempo real del oncogén E7 (E7-qPCR) para genotipificación y cuantificación de 6 VPH-AR. Los resultados muestran que la E7- qPCR amplificó VPH-16, -18, -31, -33, -35 y -45 con una alta sensibilidad con límites de detección desde 102 copias, eficiencias entre 90 y 110 %, valores R2 > 0,97 y análisis de curva de fusión que revelan productos específicos.

Cervical cancer is caused by persistent infection of the cervical epithelium with the high-risk genotypes of the Human Papilloma Virus (HR-HPV). For its detection, molecular tests are carried out that detect the L1 gene of HPV. This gene can be lost in up to 11 % of cases during the integration of viral DNA into the host genome, causing false negatives. On the other hand, the E7 oncogene is expressed during all stages of disease progression. The aim of this work was to standardize a real-time PCR of the E7 oncogene (E7-qPCR) for genotyping and quantification of 6 HR-HPV. The results show that the E7-qPCR amplified HPV-16, -18, -31, -33, -35 and -45 with high sensitivity with detection limits from 102 copies, efficiencies between 90 and 110 %, R2 values >0,97 and melting curve analysis revealing specific products.

Asociación de marcadores inflamatorios y de disfunción endotelial con la depresión en la enfermedad cerebrovascular isquémica

Fundamento: la depresión es una de las complicaciones no neurológicas más frecuentes en la enfermedad cerebrovascular isquémica. Objetivo: determinar la asociación de marcadores inflamatorios y de disfunción endotelial con la depresión en pacientes con enfermedad cerebrovascular isquémica. Métodos: se realizó un estudio analítico, prospectivo de corte transversal en pacientes con enfermedad cerebrovascular isquémica en fase aguda (N=22) y no aguda (N=37); atendidos en el Instituto de Neurología y Neurocirugía y el Hospital Manuel Fajardo, de La Habana, Cuba. Se recogieron variables demográficas, factores de riesgo, etiología y localización del infarto, deficiencia neurológica, discapacidad para las actividades de la vida diaria (índice de Barthel), neuropsicológicas (depresión por inventario de Beck y test de Hamilton). Se determinó proteína C-reactiva, alfa-1-antitripsina, complementos C3 y C4 y microalbuminuria. Resultados: las puntuaciones de las pruebas neuropsicológicas no tuvieron diferencias significativas entre la fase aguda y no aguda, pero hubo un aumento estadístico de la frecuencia de pacientes sin depresión y con ligera depresión en la fase no aguda. En la fase aguda, el complemento C4 y en la fase no aguda el complemento C3, la proteína C-reactiva y el alfa-1-antitripsina se correlacionaron directamente con la puntuación del inventario de Beck. La proteína C-reactiva y C3 se correlacionaron estadísticamente con la puntuación del test de Hamilton. En el análisis multivariado, la proteína C-reactiva mostró asociación independiente con el grado de depresión por el test de Hamilton. Conclusiones: la proteína C-reactiva pudiera estar relacionada con la severidad de la depresión, quizás por asociación con la discapacidad para las actividades de vida diaria.

Foundation: depression in ischemic cerebrovascular disease is one of the most frequent non-neurological complications. Objective: to determine the association of inflammatory markers and endothelial dysfunction with depression in patients with ischemic cerebrovascular disease. Methods: an analytical, prospective, cross-sectional study was carried out in patients with acute (N=22) and non-acute (N=37) ischemic cerebrovascular disease; treated at the Institute of Neurology and Neurosurgery; and the Manuel Fajardo Hospital, in Havana, Cuba. Demographic variables, risk factors, etiology and location of the infarction, neurological deficiency, disability for activities of daily living (Barthel index), neuropsychological (depression by Beck inventory and Hamilton test) were collected. C-reactive protein, alpha-1-antitrypsin, C3 and C4 complements, and microalbuminuria were determined. Results: the scores of the neuropsychological tests did not have significant differences between the acute and non-acute phase, but there was a statistical increase in the frequency of patients without depression and with slight depression in the non-acute phase. In the acute phase, C4, and in the non-acute phase, C3, C-reactive protein and alpha-1-antitrypsin were directly correlated with the Beck inventory score. C-reactive protein and C3 were statistically correlated with the Hamilton test score. In the multivariate analysis, C-reactive protein showed an independent association with the degree of depression by the Hamilton test. Conclusions: C-reactive protein could be related to the severity of depression, perhaps by association with the disability for activities of daily living.

Cycle threshold predicted mortality in a cohort of patients with hematologic malignancies infected with SARS-CoV-2 / El umbral de ciclado predijo la mortalidad en una cohorte de pacientes conneoplasias hematológicas infectados con SARS-CoV-2 / Microbiología clinica y enfermedades infecciosas

Abstract When a SARS-CoV-2 RT-qPCR test is performed, it may determine an indirect measureof viral load called cycle threshold (Ct). Respiratory samples with Ct <25.0 cycles are consideredto contain a high viral load. We aimed to determine whether SARS-CoV-2 Ct at diagnosis couldpredict mortality in patients with hematologic malignancies (lymphomas, leukemias, multiplemyeloma) who contracted COVID-19. We included 35 adults with COVID-19 confirmed by RT-qPCR performed at diagnosis. We evaluated mortality due to COVID-19 rather than mortalitydue to the hematologic neoplasm or all-cause mortality. Twenty-seven (27) patients survivedand 8 died. The global mean Ct was 22.8 cycles with a median of 21.7. Among the survivors,the mean Ct was 24.2, and the median Ct value was 22.9 cycles. In the deceased patients, themean Ct was 18.0 and the median Ct value was 17.0 cycles. Using the Wilcoxon Rank Sum test,we found a significant difference (p = 0.035). SARS-CoV-2 Ct measured in nasal swabs obtainedat diagnosis from patients with hematologic malignancies may be used to predict mortality.

Resumen Cuando se realiza una RT-qPCR para SARS-CoV-2, es posible determinar una medidaindirecta de la carga viral llamada umbral de ciclado (Ct). Las muestras respiratorias con Ct<25,0 ciclos se consideran de alta carga viral. Nos propusimos determinar si el Ct para SARS-CoV-2 al diagnóstico predice la mortalidad en pacientes con neoplasias hematológicas (linfomas,leucemias, mielomas) que contrajeron COVID-19. Incluimos 35 adultos con COVID-19 confirmadopor RT-qPCR al diagnóstico. Evaluamos la mortalidad por COVID-19, no la mortalidad por la neo-plasia hematológica o la mortalidad por cualquier causa. De los 35 pacientes, 27 sobrevivierony 8 fallecieron. El Ct global medio fue 22,8 ciclos con una mediana de 21,7 ciclos. Entre lossobrevivientes, el Ct medio fue 24,2 ciclos con una mediana de 22,9 ciclos. Entre los fallecidos,el Ct medio fue 18,0 y el Ct mediano fue 17,0 ciclos. Empleando la prueba de suma de rangosde Wilcoxon, encontramos una diferencia significative (p = 0,035). En pacientes con neoplasiashematológicas infectados con coronavirus, el Ct de SARS-CoV-2 medido en hisopados nasales almomento del diagnóstico podría ser utilizado para predecir la mortalidad.

Negativización de carga viral en pacientes positivos persistentes SARS-CoV-2 y uso de plasma de convalecientes / Negative viral load in persistent positive SARS-CoV-2 patients and use of convalescent plasma

No existe medicación específica contra el SARS-CoV-2 y el tratamiento consiste fundamentalmente en medidas de soporte. La transfusión de plasma de convalecientes consiste en administrar pasivamente anticuerpos policlonales, que generan una respuesta inmune inmediata y disminuyen la carga viral. El objetivo del estudio fue describir la estadía hospitalaria y negativización de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real en pacientes positivos persistentes con el uso de plasma de convalecientes. Se realizó un estudio descriptivo transversal, prospectivo, en 8 pacientes positivos persistentes que recibieron dicho plasma, en el Hospital Universitario Clínico Quirúrgico «Cmdte. Manuel Fajardo» de septiembre a noviembre de 2020. El mayor por ciento de casos necesitó una dosis de plasma de convalecientes para negativizar el PCR-TR. La estadía hospitalaria más frecuente fue de 14 a 19 días, el 62,50 % de los pacientes, 24 horas después de administrada la última dosis de este plasma, negativizó el RCP-TR evolutivo.

There is no specific medication against SARS-CoV-2 and the treatment consists mainly of supportive measures. Convalescent plasma transfusion consists of passively administered polyclonal antibodies, which generate an immediate immune response and decrease viral load. The objective of the study was to describe hospital stay and real-time polymerase chain reaction negativization in persistently positive patients with the use of convalescent plasma. A prospective, cross-sectional and descriptive study was carried out in 8 persistently positive patients who received such plasma at "Cmdte. Manuel Fajardo" Clinical and Surgical University Hospital from September to November 2020. The highest percentage of cases required a dose of convalescent plasma to make the RT-PCR negative. The most frequent hospital stay was from 14 to 19 days; 62.50% of the patients had a negative evolutionary RT-PCR, 24 hours after administering the last dose of this plasma.

Etiología de las infecciones de transmisión sexual (ITS) diagnosticadas por la técnica de PCR múltiple-hibridación en población colombiana de la ciudad de Medellín atendida en el Laboratorio Clínico VID / Etiology of sexually transmitted infections (STIs) diagnosed by multiplex PCR-hibridization assay technique in a Colombian population attending the VID Clinical Laboratory in Medellin

Introducción. Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son y seguirán siendo un serio problema de salud pública en todo el mundo según los datos de la OMS, con el agravante que la mayoría de los casos son asintomáticos y, además, no existe otro reservorio distinto al humano. El diagnóstico se puede realizar con pruebas tradicionales y moleculares, estas últimas incluyen la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de las cuales existen varios tipos, entre ellas, la PCR múltiple que tiene la capacidad de detectar ITS polimicrobianas a partir de una sola muestra. El objetivo de este estudio fue establecer cuáles fueron las infecciones de transmisión sexual más frecuentes en diferentes grupos de pacientes, así como determinar la utilidad del uso de la técnica de PCR múltiple en el diagnóstico de las ITS. Metodología. Se trata de un estudio observacional de corte transversal realizado entre los años 2021 y 2022 con pacientes que acudieron al servicio de diagnóstico del Laboratorio Clínico VID por sospecha de ITS. Las muestras recolectadas fueron evaluadas utilizando una prueba comercial basada en la técnica de PCR múltiple e hibridación. Las muestras procesadas fueron: orina e hisopados de endocérvix, uretra, recto, faringe y úlceras. Resultados. Se estudiaron 1.027 pacientes, de estos, 228 (22,2 %) fueron positivos para diferentes agentes de trasmisión sexual, distribuidos así: 50 (21,9 %) mujeres, 129 (56,6 %) hombres heterosexuales y 49 (21,5 %) hombres que tenían sexo con hombres (HSH). La edad promedio de las mujeres fue 30 años, y la de ambos grupos de hombres fue 36 años. Los microorganismos más frecuentemente identificados en mujeres fueron: C. trachomatis (A-K) en 28,6 %, seguido de virus herpes simplex tipo 2 (VHS-2) en 26,8 % y N. gonorrhoeae en 17,9 %. En hombres heterosexuales fueron C. trachomatis (A-K) en 37,5 %, N. gonorrhoeae en 21,5 % y VHS-2 en 18,7 %. En HSH fueron C. trachomatis (L1-L3) en 32,7 %, seguido de N. gonorrhoeae en 27,6 %, y de C. trachomatis (A-K) y VHS-2, ambos en 13,8 %. En 11 hombres heterosexuales, 8 HSH y en 6 mujeres, se identificó infección polimicrobiana. Conclusiones. C. trachomatis (A-K) fue el microorganismo más prevalente causante de ITS, seguido de N. gonorrhoeae en ambos grupos de hombres, y de VHS-2 en las mujeres, muy similar a lo reportado a nivel mundial. La prueba de PCR múltiple permite la detección de infecciones polimicrobianas comúnmente asociadas a ITS y el diagnóstico es preciso y confiable, incluso en pacientes asintomáticos

Sexually transmitted infections (STIs) are and will continue to be a serious public health problem throughout the world according to WHO data, with the aggravating factor that most cases are asymptomatic and, furthermore, there is no other reservoir other than humans. The diagnosis can be made with traditional and molecular tests, the latter include the polymerase chain reaction (PCR), of which there are several types, among them, multiplex PCR that has the capacity to detect polymicrobial STIs from a single sample. The objective of this study was to establish which were the most frequent sexually transmitted infections in different groups of patients, as well as to determine the usefulness of the multiplex PCR technique in the diagnosis of STIs. Methodology. This is an observational, cross-sectional study carried out between 2021 and 2022 with patients who attended the VID Clinical Laboratory for suspected STIs. The collected samples were evaluated using a commercial test based on the multiplex PCR technique and hybridization. The samples processed were: urine and swabs from endocervix, urethra, rectum, pharynx, and ulcers. Results. The study included 1,027 patients, of these, 228 (22.2%) were positive for different sexually transmitted agents, distributed as follows: 50 (21.9%) women, 129 (56.6%) heterosexual men and 49 (21.5%) men who had sex with men (MSM). The average age of the women was 30 years, and that of both groups of men was 36 years. The microorganisms most frequently identified in women were: C. trachomatis (A-K) in 28.6%, followed by herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in 26.8% and N. gonorrhoeae in 17.9%. In heterosexual men they were C. trachomatis (A-K) in 37.5%, N. gonorrhoeae in 21.5% and HSV-2 in 18.7%. In MSM they were C. trachomatis (L1-L3) in 32.7%, followed by N. gonorrhoeae in 27.6%, and C. trachomatis (A-K) and HSV-2, both in 13.8%. Polymicrobial infection was identified in 11 heterosexual men, 8 MSM, and 6 women. Conclusions. C. trachomatis (A-K) was the most prevalent STI-causing microorganism, followed by N. gonorrhoeae in both groups of men, and HSV-2 in women, very similar to that reported worldwide. The multiplex PCR test allows the detection of polymicrobial infections commonly associated with STIs and the diagnosis is accurate and reliable, even in asymptomatic patients

Caracterización epidemiológica, clínica y de laboratorio en pacientes positivos persistentes a COVID-19

Introducción: La COVID-19 es una preocupación mundial, requiere enfoque integral para reducir la transmisión, comenzando por la detección de casos, atención hospitalaria y seguimiento posterior. Objetivo: Caracterizar a pacientes positivos persistentes a COVID-19 en cuanto a epidemiología, clínica y datos de laboratorio. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo transversal en 16 pacientes positivos persistentes a SARS-CoV-2 diagnosticados por RCP-TR en hisopado nasofaríngeo, en el Hospital Comandante Manuel Fajardo Rivero de Santa Clara en el período de septiembre 2020 a noviembre 2020. Resultados: Predominó el sexo femenino en un 75 %, el grupo de edad más representativo fue de 40-59 años de edad (68,75 %), el 37,50 % de los casos fueron asintomáticos y el síntoma más frecuente fue la fiebre menor de siete días 31,25 %. Existió linfopenia en el hemograma inicial con media en 27,49, índice neutrófilo leucocitario por encima de tres en cuatro pacientes con una media inicial 3,42. Estadía hospitalaria de 20,75 días de promedio. La mitad no tenía historia de enfermedad conocida, la comorbilidad más frecuente fue la hipertensión arterial 43,75 %. El índice neutrófilo leucocitario por encima de tres en pacientes con comorbilidades, evolutivo para todos menor de tres. Conclusiones: Predominó el sexo femenino, el grupo de edad más representativo fue de 40-59 años, es frecuente que se presenten asintomáticos y la fiebre fue el síntoma más usual. Existió linfopenia en el hemograma inicial. La mitad de los contagiados sin comorbilidades. El índice neutrófilo leucocitario evolutivo fue menor de tres para todos los pacientes.

Introduction: COVID-19 is a global concern, it requires a comprehensive approach to reduce transmission, starting with case detection, hospital care and subsequent follow-up. Objective: To characterize persistent COVID-19 positive patients in terms of epidemiology, clinical and laboratory data. Methods: A cross-sectional descriptive study was carried out in 16 persistent SARS-CoV-2 positive patients diagnosed by RT-CPR in nasopharyngeal swab, at Comandante Manuel Fajardo Rivero Hospital of Santa Clara in the period from September 2020 to November 2020. Results: The female sex predominated in 75%, the most representative age group was 40-59 years of age (68.75%), 37.50% of the cases were asymptomatic and the most frequent symptom was fever less than seven days 31.25%. There was lymphopenia in the initial hemogram with an average of 27.49, and a leukocyte neutrophil index above three in 4 patients with an initial average of 3.42. Hospital stay of 20.75 days on average. Half had no history of known disease, the most frequent comorbidity was arterial hypertension 43.75 %. The neutrophil leukocyte index above 3 in patients with comorbidities, evolutionary for all pariente was less than 3. Conclusions: The female sex predominates, the most representative age group is 40-59 years, it is frequent that they present asymptomatic and fever is the most usual symptom. There is lymphopenia on the initial blood count. Half of those infected without comorbidities. The evolutionary leukocyte neutrophil index was less than 3 for all patients.

Caracterización de pacientes con hepatitis C que recibieron tratamiento con drogas antivirales de acción directa

Introducción: La hepatitis C constituye un problema de salud pública mundial por su prevalencia y progresión a la cronicidad. El tratamiento de la hepatitis C con drogas antivirales de acción directa ha revolucionado la práctica de la hepatología clínica por la posibilidad de curar a la mayoría de los pacientes con tratamientos cortos y sin efectos adversos significativos. Objetivo: Caracterizar los pacientes con hepatitis C que recibieron tratamiento con drogas antivirales de acción directa en la provincia Camagüey. Métodos: Se realizó un estudio observacional descriptivo, transversal y retrospectivo en la provincia Camagüey durante el período del 4 de enero del año 2021 al 28 de marzo del año 2022. El universo de estudio estuvo constituido por 405 pacientes con diagnóstico de hepatitis C en la provincia. La muestra por 110 pacientes que hicieron tratamiento con ribavirina e interferón pegilado y no resolvieron pues sus cargas siguió detectables. Resultados: Se observó un predominio de los pacientes con hepatitis C en el grupo de edad de 55-59 años, sexo masculino, con 1 a 3 años de diagnosticada la enfermedad. No todos terminaron el tratamiento debido a la ocurrencia de fallecimientos. Los que cumplieron con el uso de las drogas antivirales de acción directa sofosbuvir y daclatasvir durante las 12 semanas, en su gran mayoría sus cargas virales resultaron no detectables fundamentalmente en población, no así en los hemodializados aunque estos disminuyeron sus cifras con relación a las que tenían antes de iniciar el tratamiento. Conclusiones: El tratamiento resultó ser efectivo.

Introduction: Hepatitis C constitutes a global public health problem due to its prevalence and progression to chronicity. The treatment of hepatitis C with direct-acting antiviral drugs has revolutionized the practice of clinical hepatology due to the possibility of curing the majority of patients with short treatments and without significant side effects. Objective: To characterize patients with hepatitis C who received treatment with direct-acting antiviral drugs in Camagüey province. Methods: A descriptive, cross-sectional and retrospective observational study was carried out in the Camagüey province during the period from January 4th, 2021 to March 28th, 2022. The universe of study consisted of 405 patients diagnosed with hepatitis C in the province. The sample was made up of 110 patients who underwent treatment with ribavirin and pegylated interferon and did not resolve as their charges continued to be detectable. Results: A predominance of patients with hepatitis C was observed in the age group of 55-59 years, male, with 1 to 3 years of diagnosis of the disease. Not all patients completed treatment due to the occurrence of deaths. Those who complied with the use of the direct-acting antiviral drugs sofosbuvir and daclatasvir during the 12 weeks, the vast majority of their viral loads were not detectable, mainly in the population, not so in the hemodialysis patients, although their figures decreased in relation to those who they had before starting treatment. Conclusions: The treatment turned out to be effective.

Frecuencia del gen mecA en Staphylococcus aureus meticilinorresistente en un hospital de tercer nivel en Perú

Objetivos: determinar la frecuencia del gen mecA en Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) aislados de pacientes atendidos en un hospital de tercer nivel en la región Cajamarca, Perú; asimismo, determinar cuál de los dos antibióticos usados como screening fenotípico tiene mayor utilidad para explicar la presencia de dicho gen. Métodos: se analizaron 71 aislamientos bacterianos provenientes de muestras del Hospital Regional Docente de Cajamarca, la identificación de S. aureus se llevó a cabo mediante el equipo MicroScan. El screening fenotípico para resistencia a meticilina se realizó mediante la técnica de difusión, con discos de cefoxitina y oxacilina. La extracción de ADN se realizó mediante shock térmico, la detección del gen mecA se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa. El análisis estadístico se realizó con el software SPSS v.25. Resultados: de los 71 aislados, 40 (56,3%) fueron MRSA portadores del gen mecA, la mayoría de estos aislamientos correspondieron a pacientes hospitalizados 22 (31,0%), siendo más frecuentes en muestras de secreción bronquial 27 (38,0%). El screening fenotípico con disco de cefoxitina predijo mejor la presencia del gen mecA [P=0,010; Exp(B)= 12,3] en comparación con el disco de oxacilina. Conclusiones: este estudio demostró alta frecuencia de MRSA mecA positivo en muestras de origen clínico, principalmente de pacientes hospitalizados. Es importante establecer medidas de vigilancia para identificar MRSA en todos los hospitales de la región.

Objective: to determine the frequency of the mecA gene in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolated from patients treated at a third-level hospital in the Cajamarca region, Peru; as well as, to determine which of the two antibiotics used as phenotypic screening is more useful in explaining the presence of said gene. Methods: 71 bacterial isolates were analyzed from samples obtained from the Hospital Regional Docente of Cajamarca. The identification of S. aureus was carried out using the MicroScan system. Phenotypic screening for resistance to methicillin was performed using the diffusion technique with cefoxitin and oxacillin discs. DNA extraction was performed by heat shock, mecA gene detection was performed through polymerase chain reaction. For data analysis, the statistical software SPSS v.25 was used. Results: from 71 isolates, 40 (56,3%) were MRSA carriers of the mecA gene, the majority of these isolates corresponded to hospitalized patients 22 (31,0%), being more frequent in bronchial secretion samples 27 (38,0%). Phenotypic screening with cefoxitin disc was a better predictor for the presence of the mecA gene [P=0,010; Exp(B)= 12,3] compared to the oxacillin disc. Conclusions: It is shown a high frequency of positive MRSA mecA in samples of clinical origin, mainly from hospitalized patients. It is important to establish surveillance guidelines to identify MRSA in all hospitals in the region.

Elementos claves para evitar la contaminación en el Laboratorio de Biología Molecular de la provincia Holguín / Key elements to avoid contamination at the Molecular Biology Laboratory in Holguin province

Introducción: La técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una herramienta diagnóstica altamente específica, pero muy sensible. Su susceptibilidad a la contaminación constituye el principal problema en los laboratorios. Por ello, es urgente conocer las posibles causas de su origen, así como prevenirlas y contar con varios métodos para su eliminación. Objetivo: Describir los elementos claves para evitar la contaminación en el Laboratorio de Biología Molecular de la provincia Holguín. Métodos: Se realizó una revisión bibliográfica en la base de datos de Google académico y en artículos relevantes relacionados con el tema. Además, se tomó como referencia las Orientaciones sobre la bioseguridad en el laboratorio relacionada con la COVID-19 de la Organización Mundial de la Salud, versión 2021. Información, análisis y síntesis: Se recomienda llevar a cabo una valoración institucional del riesgo para identificar los peligros específicos de cada etapa del proceso: exposición a aerosoles, posibles salpicaduras, derrames de materiales y riesgos químicos relacionados con los reactivos. Cada etapa debe tener su riesgo evaluado. La prevención de la contaminación de una PCR comienza con la distribución de las zonas, por eso el flujo de trabajo en un laboratorio de biología molecular es solo en una dirección: de pre-PCR a PCR. Además de la aplicación de normas generales, se deben tomar otras medidas de eliminación de riesgos como el control de ingeniería, la eficacia germicida de la luz ultravioleta y el control de la contaminación del laboratorio. Conclusiones: Evitar la contaminación en el laboratorio de Biología Molecular de la provincia Holguín en el curso de la pandemia de SARS-CoV-2 es de vital importancia en la calidad de los servicios de salud.

Introduction: The polymerase chain reaction (PCR) technique is a highly specific but very sensitive diagnostic tool. Its susceptibility to contamination is the main problem in laboratories. Therefore, taking into account the possible causes of its origin, preventing it and having several methods for its elimination is of paramount importance. Objective: To describe the key elements to avoid contamination at the Molecular Biology Laboratory in Holguin province. Methods: A literature review was conducted in the Google Scholar database and in relevant articles related to the topic. In addition, the Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease (COVID-19) version 2021 was used as a reference. Information, analysis and synthesis: It is recommended to conduct an institutional risk assessment to identify the specific hazards of each stage of the process: exposure to aerosols, possible splashes, material spills and chemical hazards related to reagents. Preventing contamination of a PCR starts with the layout of the areas, that is why the workflow in a molecular biology laboratory is only in one direction: from pre-PCR to PCR. In addition to the application of general standards, other hazard elimination measures such as engineering control, germicidal efficacy of ultraviolet light, and laboratory contamination control must be taken. Conclusions: Avoiding contamination in the Molecular Biology Laboratory in Holguin province in the course of the SARS-CoV-2 pandemic is vital for the quality of health services.

Métodos de diagnóstico molecular en la práctica odontológica / Molecular diagnostic methods in dental practice

El diagnóstico molecular, mediante la aplicación de técnicas molecu- lares, ha permitido estudiar microorganismos presentes en el inicio y progresión de la caries dental, enfermedad periodontal, y en los fracasos endodónticos. Las técnicas moleculares permiten la detección y cuan- tificación del material genético del ácido desoxirribonucleico (DNA), ácido ribonucleico (RNA) o proteínas, lo que posibilita el estudio del genoma completo o secuencias de DNA específicas. Estas técnicas surgen como una necesidad de detectar microorganismos de difícil o lento crecimiento en cultivos; la técnica más utilizada es la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que permite la amplificación de peque- ños segmentos de material genético al utilizar cebadores, por lo que es un método económico, preciso, sensible y rápido para la detección de microorganismos. El presente artículo de revisión bibliográfica servirá para informar sobre los avances de las técnicas moleculares utilizadas para el diagnóstico en la práctica odontológica (AU)

Molecular diagnosis, through the application of molecular techniques, has made it possible to study microorganisms present in the onset and progression of dental caries, periodontal disease, and endodontic failures. Molecular techniques allow the detection and quantification of the genetic material of deoxyribonucleic acid (DNA), ribonucleic acid (RNA) or proteins, allowing the study of the complete genome or specific DNA sequences, they arise as a need to detect difficult or slow growing microorganisms in cultures. The most widely used technique is the polymerase chain reaction (PCR) that allows the amplification of small segments of genetic material using primers, it is an economical, precise, sensitive and fast method for the detection of microorganisms. This bibliographic review article will serve to report on the advances in molecular techniques used for diagnosis in dental practice (AU)

Comparison of two isothermal methods for SARS-COV-2 screening in Callao, Peru

Objective: To compare the isothermal molecular screening techniques CPA and RT-LAMP, against the gold standard test, reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), and to determine its agreement. Materials and Methods: Paired comparative case-control study. For the evaluation of the CPA method, 70 cases and 130 controls were used, while for RT-LAMP, 30 cases and 70 controls were used. The sensitivity and specificity of both tests were calculated. Subsequently, the bias-corrected Kappa index was calculated by resampling. Results: Both techniques have adequate and equivalent values of sensitivity (RT-LAMP: 82.8%, CPA: 83%) and specificity (RT-LAMP and CPA: 91.5%), as well as a high concordance (88%), and Kappa-index (0.72). Conclusion: Both isothermal molecular screening techniques are suitable for SARS-CoV-2 screening, with a similar sensitivity and specificity.

Objetivo : Comparar las técnicas de cribado molecular isotérmico CPA y RT-LAMP, frente a la prueba de referencia, la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa de transcripción inversa (RT-qPCR), y determinar su concordancia. Materiales y métodos : Estudio comparativo de casos y controles emparejados. Para la evaluación del método CPA se utilizaron 70 casos y 130 controles, mientras que para la RT-LAMP se utilizaron 30 casos y 70 controles. Se calcularon la sensibilidad y la especificidad de ambas pruebas. Posteriormente, se calculó el índice Kappa corregido por sesgo mediante un nuevo muestreo. Resultados: Ambas técnicas presentan valores adecuados y equivalentes de sensibilidad (RT-LAMP: 82,8 %, CPA: 83 %) y especificidad (RT-LAMP y CPA: 91,5 %), así como una alta concordancia (88 %), y un índice Kappa (0,72). Conclusiones: Ambas técnicas de cribado molecular isotérmico son adecuadas para el cribado del SARS-CoV-2, con una sensibilidad y especificidad similares.

Detección de infección por Chlamydia trachomatis en mujeres sexualmente activas en Venezuela / Detection of Chlamydia trachomatis infection in sexually active women in Venezuela

Introducción. La infección genital por Chlamydia trachomatis es una de las más frecuentes en el mundo. Cada año se registran cerca de 85 millones de nuevos casos de esta enfermedad, que cursa con graves complicaciones en la mujer y recién nacido. Objetivo. Determinar las características clínico-epidemiológicas de la infección por C. trachomatis en mujeres venezolanas sexualmente activas. Materiales y métodos. Es un estudio descriptivo, transversal y de campo, sustentado en la historia clínica y el examen físico, la detección de infección con la prueba inmunoenzimática con anticuerpos policlonales anti-LPS y la confirmación de los resultados con la de biología molecular. La muestra estuvo conformada por 100 mujeres sexualmente activas mayores de 12 años de edad, del estado Carabobo, Venezuela. Resultados. La mayoría de las mujeres se encontraba entre los 20 y los 45 años de edad. En el 25 % de las mismas, se detectaron anticuerpos IgG anti-C. trachomatis y, en el 84 % de estas, se confirmó la infección mediante PCR; en ninguna de las mujeres se hallaron anticuerpos IgM anti-C. trachomatis. Conclusión. La infección crónica predomina en las mujeres entre los 20 y los 45 años de edad; la prueba inmunoenzimática arrojó falsos positivos corroborados por PCR.

Introduction: Genital Chlamydia trachomatis infection is one of the most frequent in the world; about 85 million new cases of this pathology are registered each year, which causes severe complications in women and newborns. Objective: To determine the clinical-epidemiological characteristics of C. trachomatis infection in sexually active Venezuelan women. Materials and methods: Descriptive, cross-sectional, and field study based on the clinical history and physical examination, detection of infection with immunoenzymatic assay with anti-LPS polyclonal antibody and confirmation of results with molecular biology test. The sample consisted of 100 sexually active women over 12 years of age from Carabobo state, Venezuela. Results: The women were mostly between 20 and 45 years old, in 25% of them IgG antibodies to C. trachomatis were detected and in 84% of these the infection was confirmed by PCR, in none of the women IgM antibodies to C. trachomatis were found. Conclusion: Chronic infection characterizes women between 20 and 45 years of age; the immunoenzymatic test yielded false positives corroborated by PCR.

Prevalence of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in southern Aburrá Valley, Colombia

Background: Bacteria of the Anaplasmataceae family and canine hemoparasitic protozoans transmitted by ticks are common in Colombia due to circulation and biological adaptation of vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objective: To detect the circulation of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in three municipalities in southern Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. Methods: Primers were used to amplify the 16S rRNA associated with the Anaplasmataceae family, dsb for Ehrlichia sp. and 18S rRNA for Hepatozoon sp. Results: Of the 357 samples of venous blood obtained, representing all the sheltered dogs in the study zone, Ehrlichia canis DNA was detected in 2.2% of individuals, showing identity of 100% with previous sequences from the GenBank. Hepatozoon canis showed 8.7% (31/357) prevalence of infection, with 100% identity to genotypes from Japan, Brazil, and Spain. Only one sequence of H. canis exhibited a phylogenic divergence concerning H. canis previously reported in Brazil and the Old World. Conclusions: This study confirms the circulation of E. canis and H. canis in asymptomatic shelter dogs in the south-central zone of the Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. The present study is the first molecular detection of H. canis in the Province of Antioquia and the third report of canine hepatozoonosis from Colombia, highlighting the importance of considering this agent in veterinary clinic.

Antecedentes: Los agentes patógenos transmitidos por garrapatas, tales como las bacterias de la familia Anaplasmataceae y los protozoos hemoparasitarios caninos, son comunes en Colombia debido a la circulación y la adaptación biológica del vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar la circulación de Ehrlichia canis y Hepatozoon canis en perros protegidos en tres municipios del sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. Métodos: Se usaron cebadores para amplificar el gen 16S rRNA asociado con la familia Anaplasmataceae y el gen dsb para Ehrlichia sp. y el 18S rRNA para Hepatozoon sp. Resultados: De las 357 muestras de sangre venosa obtenidas, que representan a todos los perros de albergues en la zona de estudio, 2,2% fueron positivas para Ehrlichia canis, con 100% de identidad con secuencias anteriores publicadas en todo el mundo. Hepatozoon canis mostró una prevalencia de infección del 8,7% (31/357), con una identidad del 100% con genotipos de Japón, Brasil y España. Solo una secuencia de H. canis exhibió divergencia filogénica en relación con H. canis previamente reportada en Brasil y el Viejo Mundo. Conclusiones: Este estudio confirma la circulación de E. canis y H. canis en perros asintomáticos de albergues en la zona centro-sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. El presente estudio es la primera detección molecular en el Departamento de Antioquia y el tercer reporte de hepatozoonosis canina de Colombia destacando la importancia de considerar este agente en la clínica veterinaria.

Antecedentes: Agentes patogênicos transmitidos por carrapatos, como bactérias da família Anaplasmataceae e protozoários hemoparasitários caninos, são comuns na Colômbia devido à circulação e adaptação biológica do vetor Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar Ehrlichia canis e Hepatozoon canis em cães abrigados em três municípios do sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. Métodos: Os primers foram utilizados para amplificar o rRNA 16S associado à família Anaplasmataceae, o dsb para Ehrlichia sp. e o rRNA 18S para Hepatozoon sp. Resultados: Das 357 amostras de sangue venoso obtidas, representando todos os cães abrigados na zona de estudo, 2,2% foram positivas para Ehrlichia canis, com 100% de identidade com sequências anteriores publicadas em todo o mundo. Hepatozoon canis mostrou uma prevalência de infecção de 8,7% (31/357), com 100% de identidade com genótipos do Japão, Brasil e Espanha. Apenas uma sequência de H. canis apresentou divergência filogênica em relação a H. canis previamente relatados no Brasil e no Velho Mundo. Conclusões: Este estudo confirma a circulação de E. canis e H. canis em cães de abrigo assintomáticos na zona centro-sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. O presente estudo é a primeira detecção molecular no Departamento de Antioquia e o terceiro relato de hepatozoonose canina na Colômbia, destacando a importância de considerar este agente na clínica veterinária.

Prueba Xpert® MTB/RIF para el diagnóstico de Tuberculosis en el Instituto Médico La Floresta

La necesidad de un diagnóstico rápido, sensible y específico para tuberculosis es apremiante; se estiman 4 000 muertes cada día y aproximadamente 28 000 personas se contagian de esta enfermedad. La prueba Xpert®MTB/RIF consiste en un ensayo de diagnóstico in vitro de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real automatizada, semicuantitativa, que en tan solo dos horas, permite detectar el ácido desoxirribonucleico (ADN) del complejo Mycobacterium tuberculosis (MTB) y mutaciones asociadas a la resistencia a rifampicina. Objetivo: Describir la experiencia del ensayo Xpert®MTB/ RIF y su valor diagnóstico en Dpto. de Microbiología del Instituto Médico La Floresta, desde abril 2012 hasta abril 2021. Métodos: Estudio descriptivo de muestras respiratorias y de otras procedencias, de pacientes con sospecha de tuberculosis, ensayadas por PCR a través del Xpert®MTB/RIF. Adicionalmente se realizó Ziehl-Neelsen y cultivo por el método de Ogawa Kudoh modificado, dependiendo del volumen de muestra recibida. Resultados: De 618 PCR realizadas, 58 muestras fueron positivas (9,4 %), 56 correspondieron a adultos y 2 a niños, 81 % se clasificaron como tuberculosis pulmonar y 19 % como extrapulmonar. A 37 se les realizó cultivo, de las cuales 10 no desarrollaron crecimiento, y a 33 adicionalmente Ziehl-Neelsen, de las cuales 12 presentaron baciloscopias negativas. En cinco de las muestras se detectó resistencia a rifampicina. Conclusiones: A través de la prueba Xpert®MTB/RIF fue posible detectar MTB en aquellas con baciloscopias negativas, en las que no desarrollaron crecimiento en el cultivo y permitió la rápida instauración de tratamiento en la tuberculosis multirresistente.

The rapid, sensitive, and specific diagnosis for tuberculosis is urgent; 4 000 deaths are estimated every day and approximately 28 000 people are infected with this disease. The Xpert®MTB/RIF test consists of an automated, semi-quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) in vitro diagnostic assay that, in just two hours, allows the detection of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) DNA and mutations associated with resistance to rifampicin. Objective: To describe the experience of the Xpert®MTB/RIF assay and its diagnostic value in the Department of Microbiology of the La Floresta Medical Institute, from April 2012 to April 2021. Methods: Descriptive study of respiratory samples and other sources, from patients with suspected of tuberculosis, assayed by PCR through Xpert®MTB/RIF. Additionally, Ziehl-Neelsen and culture were performed by the modified Ogawa Kudoh method, depending on the volume of sample received. Results: Of 618 PCR performed, 58 samples were positive (9.4 %), 56 corresponded to adults and 2 to children, 81 % were classified as pulmonary tuberculosis and 19 % as extrapulmonary. Culture was performed on 37, of which 10 did not develop growth, and on 33 additionally Ziehl-Neelsen, of which 12 presented negative bacilloscopy. Rifampicin resistance was detected in five of the samples. Conclusions: Through the Xpert®MTB/RIF test, it was possible to detect MTB in those with negative bacilloscopy, in which they did not develop growth in the culture and allowed the rapid establishment of treatment in multidrug-resistant tuberculosis.

Congenital syphilis confirmed by pcr as a result of treatment failure for syphilis in pregnancy. case report

ABSTRACT Introduction: Congenital syphilis is a major public health problem, and early diagnosis and treatment are necessary to prevent it. Penicillin G benzathine is the treatment of choice in pregnant women; however, it may fail to prevent fetal infection, as in the present case. Case presentation: Male newborn, son of an HIV negative mother with gestational syphilis (venereal disease research laboratory (VDRL) 1:4 dilution, positive treponemal test) diagnosed at week 21 of gestation and treated with three doses of 2 400 000 IU of penicillin G benzathine. At delivery, the mother presented VDRL 1:1 dilution. The newborn was diagnosed with congenital syphilis due to VDRL 1:4 dilution, positive treponemal test, elevated aspartate aminotransferases, hypos-thenuria, proteinuria, hematuria, and leukocyturia that resolved after treatment with crystalline penicillin for 10 days. The molecular testing in blood showed a high treponemal load. The VDRL test at 3 months was non-reactive. Conclusions: Preventing congenital syphilis with the recommended treatment for gestational syphilis may fail. Moreover, diagnosing this condition in an asymptomatic newborn is difficult. Therefore, clinical and serological tests are recommended to confirm whether maternal treatment was effective in the fetus.

RESUMEN Introducción. La sífilis congénita es un importante problema de salud pública y para prevenirla es necesario diagnosticar y tratar la sífilis gestacional de forma temprana. En el presente caso la gestante recibió el tratamiento de elección (penicilina benzatínica), pero este no previno la infección fetal. Presentación del caso. Recién nacido masculino, hijo de una madre con serología negativa para el virus de la inmunodeficiencia humana y positiva para sífilis gestacional diagnosticada en la semana 21 (prueba VDRL con dilución 1:4 y prueba treponémica rápida positiva) y tratada con tres dosis de 2 400 000 UI de penicilina benzatínica. En el parto, la madre presentó VDRL con dilución 1:1 y el recién nacido fue diagnosticado con sífilis congénita por presentar VDRL con dilución 1:4, prueba treponémica rápida positiva, niveles de aspartato aminotransferasa elevados, hipostenuria, proteinuria, hematuria y leucocituria, condiciones que se resolvieron luego de recibir tratamiento con penicilina cristalina durante 10 días. El estudio molecular en sangre realizado al momento del nacimiento evidenció una alta presencia de Treponema pallidum. La prueba VDRL a los 3 meses fue no reactiva. Conclusiones. Prevenir la sífilis congénita con el tratamiento recomendado para sífilis gestacional puede fallar, además, diagnosticar sífilis congénita en un recién nacido asintomático es difícil, por lo cual se recomienda hacer un seguimiento clínico y serológico para confirmar si el tratamiento materno fue efectivo en el feto.

Alternativa rápida de extracción de ADN en quistes de Acanthamoeba para uso en el laboratorio de análisis clínicos / Rapid DNA extraction alternative in cysts of Acanthamoeba for use in clinical analysis laboratory

Resumen El objetivo del estudio fue comparar la extracción de ADN de quistes de Acanthamoeba sp. con un método disponible comercialmente y cuatro no comerciales utilizando tratamiento térmico y ultrasonido para la amplificación por una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional, reduciendo tiempos de preparación y extracción de las muestras, como una herramienta para el diagnóstico en el laboratorio clínico. Se utilizó una cepa de Acanthamoeba, genotipo T4, cultivada en agar no nutritivo. Los quistes para analizar, en tres períodos de enquistamiento, se almacenaron a temperatura ambiente. Se extrajo ADN mediante cinco métodos: pretratamiento térmico, ultrasonido y combinaciones de ellos. La PCR se llevó a cabo utilizando cebadores específicos JDP1/JDP2. La concentración y pureza del ADN extraído con los protocolos evaluados revelaron diferencias estadísticamente significativas (p<0,0001). El método E (comercial), el A (térmico) y el B (ultrasonido) lograron los mejores rendimientos en la amplificación del fragmento específico de Acanthamoeba sp. por la PCR convencional.

Abstract The objective of the study was to compare the DNA extraction of Acanthamoeba sp. cysts with a commercially available method and four non-commercial ones, with heat and ultrasound treatment that allows amplification by conventional polymerase chain reaction (PCR), reducing sample preparation and extraction times, such as a tool for diagnosis in the clinical laboratory. To this aim, a strain of Acanthamoeba T4 grown on non-nutrient agar was used. Plates with cysts at three different encystation times were stored at room temperature until the study was carried out. DNA was extracted with five methods that included pretreatments (thermal and ultrasound) or combinations of them. PCR was performed using specific primers JDP1/JDP2. Concentration and purity of DNA revealed statistically significant differences (p<0.0001) between methods. Method E (commercial), method A (thermal) and B (ultrasound) got the best yields in amplifying the specific fragment of Acanthamoeba sp. by conventional PCR.

Resumo O objetivo do estudo foi comparar a extração de DNA de cistos de Acanthamoeba sp. com um método comercialmente disponível e quatro não comerciais utilizando tratamento térmico e ultrassom para amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) convencional, reduzindo os tempos de preparo e extração das amostras, como ferramenta para o diagnóstico no laboratório clínico. Foi utilizada uma cepa de Acanthamoeba, genótipo T4, cultivada em ágar não nutritivo. Os cistos para analisar foram armazenados em temperatura ambiente, correspondendo a três períodos de encistamento. O DNA foi extraído por cinco métodos: pré-tratamento térmico, ultrassom e combinações deles. A PCR foi realizada usando iniciadores específicos JDP1/JDP2. A concentração e a pureza do DNA extraído com os protocolos avaliados revelaram diferenças estatisticamente significativas (p<0,0001). Os métodos E (comercial), A (térmico) e B (ultrassom) alcançaram os melhores rendimentos na amplificação do fragmento específico de Acanthamoeba sp. por PCR convencional.

Vigilancia epidemiológica de Staphylococcus aureus y resistencia antibiótica en ambientes nosocomiales / Epidemiological surveillance of Staphylococcus aureus and the antibiotic resistence in nosocomial environments / Vigilância epidemiológica de Staphylococcus aureus e resistência a antibióticos em ambientes nosocomiais

Uno de los microrganismos más importantes en Infecciones Asociadas a la Atención en Salud (IAAS) es Staphylococcus aureus, una bacteria aerobia Gram positiva, resistente a diferentes condiciones ambientales. Objetivo. Identificar Staphylococcus aureus y su resistencia a los principales antibióticos Betalactámicos, aislada en áreas inertes. Materiales y métodos. Se realizó análisis fenotípico, antibiograma y métodos moleculares como: Extracción de ADN mediante Lisis Alcalina, identificación molecular para la amplificación de los genes tanto de identificación de la bacteria (nucA y femB), como de resistencia de antibióticos (blaZ, mecA y vanA) mediante PCR punto final, la separación de los amplicones se realizó mediante electroforesis en gel de Agarosa, los productos de la PCR se revelaron mediante la utilización de transiluminador UV. Resultados. De 200 muestras tomadas se obtuvo dos muestras positivas (1%) para Staphylococcus aureus, con el 100% de resistencia a penicilina y sensible a todos los demás antibióticos testeados. Conclusiones. La identificación de la bacteria y su resistencia hoy en día se realiza mayormente mediante métodos moleculares, lo cual no descarta la identificación fenotípica que, en este caso, determinó resultados importantes como lo es la prueba D-test positivo. La resistencia a fármacos betalactámicos se considera como un serio problema de salud, por lo tanto, se requiere de una vigilancia epidemiológica constante.

Staphylococcus aureus is one of the most important microorganisms related to Health Care Associated Infections (HCAI), it is a Gram-positive aerobic bacterium, highly resistant to the outer environment. Objective. Identify Staphylococcus aureus and its resistance to the most common beta-lactam antibiotics in isolated, inert areas. Materials and methods. Phenotypic analysis, antibiogram and molecular testing such as: DNA extraction by Alkaline Lysis, molecular identification for the amplification of genes both for identification of Staphylococcus aureus (nucA and femB), and for antibiotic resistance (blah, mega and vanA) by PCR, the disassociation of the amplicons was preforming by Agarose gel electrophoresis and results were shown in a UV translluminator. Results. From the 200 samples taken, two showed positive (1%) for Staphylococcus aureus, with 100% penicillin-resistant and sensitive to all other antibiotics tested. Conclusions. Nowadays identification of the bacteria and its resistance is carried out mostly through molecular testing, ruling out phenotypic identification, which in this case it determined important results such as the positive D-test. Resistance to beta-lactam drugs is considered a serious health issue, therefore it requires a safer epidemiological vigilance, an increase in sensitivity testing and the accuracy of results. It is recommended to carry out the D-test in laboratories to identify resistance mechanisms and to guide health personnel to select the best option regarding specific and effective treatment for patients affected with MRSA.

Um dos microrganismos mais importantes em Infecções Associadas à Saúde (HAIs) é o Staphylococcus aureus, uma bactéria aeróbica gram-positiva resistente a diferentes condições ambientais. Objetivo. Identificar Staphylococcus aureus e sua resistência aos principais antibióticos beta-lactam, isolados em áreas inertes. Materiais e métodos. Análise fenotípica, antibiograma e métodos moleculares foram realizados tais como: extração de DNA por Alkaline Lysis, identificação molecular para a amplificação dos genes tanto da identificação da bactéria (nucA e femB), e resistência a antibióticos (blaZ, mecA e vanA) pelo ponto final da PCR, a separação dos amplicons foi realizada por eletrofose em gel de Agarose, os produtos PCR foram revelados usando transiluminador UV. Resultados. De 200 amostras colhidas, duas amostras positivas (1%) foram obtidas para o Staphylococcus aureus, com 100% de resistência à penicilina e sensível a todos os outros antibióticos testados. Conclusões. A identificação da bactéria e sua resistência hoje é realizada principalmente por métodos moleculares, o que não exclui a identificação fenotípica que, neste caso, determinou resultados importantes como o teste D positivo. A resistência aos medicamentos beta-lactam é considerada um grave problema de saúde, portanto, é necessária uma vigilância epidemiológica constante.

APLICACIÓN DEL MODELO DE PÉRDIDA DE ADN PARA EL DISEÑO DE CEBADORES EN Potamotrygon magdalenae (POTAMOTRYGONIDAE) / Application of the model of DNA loss for desing of primers in Potamotrygon magdalenae (Potamotrygonidae)

RESUMEN El diseño de cebadores es fundamental para amplificar regiones de genes debido a que la especificidad que mantienen cebador-secuencia de interés puede causar el éxito o fracaso en la reacción de PCR. En relación a Potamotrygon magdalenae (especie de interés de acuerdo al PAN Tiburones-Colombia), existe poca información disponible de aspectos relacionados con la genética poblacional de esta Raya. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar cebadores bajo los criterios del Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), que permitan evaluar el estado genético de las poblaciones de P. magdalenae. Alineamos secuencias de la superfamilia Dayastoidea, disponibles en el NCBI, de los genes mitocondriales Citocromo C Oxidasa 1 (MT-CO1) y Citocromo b (MT-CYB). Seguimos los parámetros Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0,2) y Terminalgap penalties (0,1) y seleccionamos dos pares de cebadores de acuerdo con el DNA-LM. Estimamos el producto amplificado del gen MT-CO1 en 916 pb y del gen MT-CYB en 774 pb, en muestras de P. magdalenae procedentes de diferentes ciénagas del Magdalena medio. Discutimos los resultados desde la perspectiva de validar la especificidad de los cebadores diseñados, teniendo en cuenta la correspondencia e identidad de las secuencias de los genes considerados. Los cebadores aquí reportados pueden contribuir a ampliar el conocimiento de la genética poblacional, biogeografía y filogenética de la raya de agua dulce P. magdalenae.

ABSTRACT The primer design is critical for amplifying gene regions because the specificity that primer-sequence maintain can cause success or failure in the PCR reaction. Concerning Potamotrygon magdalenae (a species of interest according to the PAN Tiburones-Colombia), there is little information available about aspects related to population genetics of this river stingray. This study aimed to design primers under DNA Loss Model (DNA-LM) criteria, which will allow assessing the genetics status of populations of P. magdalenae. We aligned sequences from the superfamily Dayastoidea, available in the NCBI, of the mitochondrial genes Cytochrome C Oxidase 1 (MT-CO1) and Cytochromeb (MT-CYB). We followed the parameters Gap open penalty (5), Gap extension penalty (0.2) and Terminal gap penalties (0.1) and selected two pairs of primers according to the DNA-LM. We calculated the amplified product of the MT-CO1 gene in 916 pb and the MT-CYB gene in 774 pb in samples from different swamps of the middle Magdalena. We discussed the results from the perspective of validating the specificity of the primers designed, considering the correspondence and identity of gene sequences considered. The primers reported here will contribute to broadening the knowledge of population genetics, biogeography and phylogenetic of the river stingray P. magdalenae.